Исходя из анализа вопроса, можем сообщить следующее.

При подготовке ответа на представленный вопрос мы нашли такие определения счета-фактуры и счета-проформы (следует отметить, что эти определения взяты из российских источников, однако в общем применимы и к рассматриваемому случаю):

СЧЕТ - -ФАКТУРА- счет, выписываемый продавцом на имя покупателя и удостоверяющий фактическую поставку товара или услуг и их стоимость. Выписывается после окончательной приемки товара покупателем. Содержит детали сделки по продаже, включая объем(количество единиц), цену за единицу, общую цену. условия продажи, способ доставки.

В розничной компании счет-фактуру готовят в момент сделки. В оптовой компании счет-фактура подготавливается после получения бухгалтерией извещения от отдела отправки о том, что груз был выслан покупателю. При расчетах по налогу на добавленную стоимость плательщики налога на добавленную стоимость, при совершении операций по реализации товаров (работ, услуг), как облагаемых налогом на добавленную стоимость, так и не облагаемых налогом, составляют и ведут журналы учета счетов-фактур, книгу продаж и книгу покупок. Каждая отгрузка товара (выполнение работы, оказание услуги) оформляется составлением счета-фактуры и регистрацией ее в книге продаж и в книге покупок.

С.-ф.составляется организацией-поставщиком (подрядчиком) на имя организации покупателя (заказчика) в двух экземплярах, первый из которых не позднее 10 дней с даты отгрузки товара (выполнения работы, оказания услуги) или предоплаты(аванса) представляется поставщиком покупателю и дает право на зачет(возмещение) сумм налога на добавленную стоимость. Второй экземпляр (копия)счета-фактуры остается у поставщика для отражения в книге продаж и начисления налога на добавленную стоимость при реализации товаров (работ, услуг).

С.-ф.подписывается руководителем и главным бухгалтером организации поставщика, а также лицом, ответственным за отпуск товаров (работ, услуг) и скрепляется печатью организации. При получении товаров (работ, услуг) С.-ф. подписывается покупателем или его уполномоченным представителем. Кроме основной функции документа, указывающего сумму платежа, может быть использован в качестве накладной, направляемой с товаром.

Выписанный на специальном бланке С.-ф. может служить также сертификатом о происхождении товара. С.-ф. имеет большое многообразие форм.
Коммерческая фактура оформляется продавцом по стандартной форме и выдается покупателю.

Предварительный, или временный, счет выдается в случае, когда окончательные детали сделки к моменту отгрузки неизвестны либо ее условия предусматривают возможный отказ покупателя от товара.

Окончательный счет оформляется для уточнения размеров расчета по сделке и выдается в случаях, когда ранее оформлялись предварительные счета.

Счет-меморандум – платежный документ, составленный в краткой форме (допускается оформление и в письменном виде); не рассматривается продавцом в качестве официального, но используется в этом качестве покупателем.

Таможенная фактура - специальный счет, прилагаемый к коммерческой фактуре и вручаемый таможенным властям страны-импортера. Заполняется по установленной стандартной форме. Содержит некоторые данные в дополнение к коммерческой фактуре. Консульская фактура - особая форма таможенной фактуры. Оформляется в случае, когда требуется специальное подтверждение (легализация) страны-импортера на предмет соответствия импортному лицензированию, для упрощения таможенных процедур либо в целях сбора средств на содержание местных консульств.

СЧЕТ - ПРОФОРМА- предварительный счет, направляемый продавцом покупателю в соответствии с условиями договора. С.-п. выставляются при частичных отгрузках проданного товара, при отправке товаров на консигнацию, при необходимости представления С.-п. для получения импортной лицензии и т.п. С.-п. выписывается. как правило, до отправки товара, и поэтому указанные в нем количества, вес, цена и т.п., могут не совпадать с теми же данными в окончательном счете (фактуре).

Таким образом, счет-проформа оформляется предварительно (до осуществления поставки в полном объеме), счет-фактура – по итогам всей поставки.

Вместе с тем, насколько нам известна практика внешнеэкономических отношений, обычно покупателю выписывается документ, на основании которого он должен произвести оплату (как именуется этот документ – не столь важно: счет, счет-фактура, счет-проформа, инвойс и т.д.).

Основная функция этого документа – быть основанием для оплаты по договору. Соответственно, если на этом документе указывается срок его действия, - то этот срок относится именно к оплате. И обычная цель установления этого срока – резервирование продавцом указанного в счете количества товара на указанный в счете срок.

Теперь отвечаю на другие Ваши вопросы:

1. Должна ли эта же счет-фактура быть при таможенном оформлении либо счет-фактура с другой датой и номером?
На наш взгляд, если счет-фактура прилагается к ГТД, то это должен быть именно тот счет-фактура, по которому произведена оплата, независимо от указанного на нем срока действия.

Если декларант утверждает обратное – пусть сошлется на конкретные нормы.

2. Можно ли оплатить товар на основании счета-проформы? 
Да можно. В этом плане он ничем не отличается от счета-фактуры.

Ответ подготовлен Ильей Латышевым, юридическая фирма "Апицес Юрис" (тел. 213- 24-12, 211-19-52)