Согласно Коммерческому кодексу, существует 5 видов коммерческих организаций, создаваемых путем внесения в Торговый регистр:

Единоличное владение (индивидуальное предпринимательство)
(füüsilisest isikust ettevötja или FTI)

Любое физическое лицо может стать индивидуальным предпринимателем (ИП). Внесение ИП в Торговый регистр происходит по личному заявлению лица. Индивидуальный предприниматель  вносится в Торговый регистр после регистрации в налоговой полиции в соответствии с Законом о налоге на добавленную стоимость. Закон может предусматривать и другие способы внесения ИП в Торговый регистр.

Полное товарищество
(täisühing или TÜ)

Полное товарищество представляет собой коммерческое предприятие, в котором два или более партнера объединяются под единым наименованием фирмы и несут ответственность по ее обязательствам всем принадлежащим им имуществом.

Полное товарищество функционирует на основе договора, заключенного между партнерами. В этом виде коммерческих организаций отсутствует требование минимального уставного капитала, и партнеры должны осуществлять денежные или неденежные взносы в размере, оговоренном в заключенном договоре.

Партнеры договариваются и вносят в Торговый регистр название фирмы, область деятельности и размеры взносов партнеров.
 
Каждый из партнеров получает часть распределенной прибыли в зависимости от размера взноса (если в договоре не оговорено другое).

Партнерство может быть расторгнуто решением партнеров, судебным решением, по истечении оговоренного срока или по достижении поставленных целей.

Коммандитное товарищество
(usaldusühing или UÜ)

Положения закона, относящиеся к полным товариществам, действительны и для коммандитных товариществ, если Коммерческий кодекс не предусматривает  другое.
 
Коммандитное товарищество – это такая компания, в которой 2 или более лиц занимаются коммерческой деятельностью под единым наименованием фирмы. При этом как минимум одно лицо (полный товарищ) несет ответственность по обязательствам компании всем своим имуществом, и одно (коммандист) – в пределах размера вложенного капитала.
 
Коммандист не обладает правом управлять товариществом и представлять его в деловых кругах, если в договоре создания товарищества не указано другое. Коммандист, осуществивший взнос капитала в полном размере, не несет ответственности по обязательствам товарищества. Ему причитается соответствующая часть прибыли компании.

Закрытая акционерная компания с ограниченной ответственностью
(osaühing или OÜ)

Закрытая акционерная компания с ограниченной ответственностью – это такая компания, акционерный капитал которой разделен на определенное количество акций, которые свободно не продаются общественности, а могут быть переданы третьему лицу лишь с согласия других акционеров. Акционер не несет личной ответственности по обязательствам компании. Закрытая акционерная компания с ограниченной ответственностью несет ответственность за выполнение своих обязательств всем своим имуществом.
Акционерный капитал должен составлять минимум 40 000 эстонских крон (примерно 2 556 евро). Минимальная номинальная стоимость акции – 100 эстонских крон. Акционер имеет право свободно передавать акции другим акционерам.
 
При передаче акций третьему лицу другие акционеры этой компании обладают преимущественным правом на покупку. Доля акций в закрытой акционерной компании с ограниченной ответственностью может быть заложена, разделена или передана наследникам, если Устав компании не предусматривает другое. Держатель акций обязан вложить капитал в размере номинальной стоимости доли акций. Совет правления устанавливает и организует ведение бухгалтерии компании. Для закрытой акционерной компании с ограниченной ответственностью обязательным является наличие аудитора в случае, если акционерный капитал компании превышает 400 000 эстонских крон или если это предусмотрено в Уставе компании.

Открытая акционерная компания с ограниченной ответственностью
(aktsiaselts или AS)

Открытая акционерная компания с ограниченной ответственностью – это такая компания, акционерный капитал которой разделен на определенное количество акций, которые свободно продаются общественности. Акционер не несет личной ответственности по обязательствам компании. Открытая акционерная компания с ограниченной ответственностью несет ответственность за выполнение своих обязательств всем своим имуществом. Такая компания может быть создана одним или более физическими лицами, имеющими или не имеющими подписку на акции. Акционерный капитал должен составлять минимум 400 000 эстонских крон (примерно 25 560 евро), а минимальная номинальная стоимость акции – 10 эстонских крон. Акции подлежат обязательной регистрации. Они вносятся в Центральный регистр ценных бумаг Эстонии. Права, которые дают зарегистрированные акции, принадлежат лицу, внесенному в качестве акционера в акционерный регистр компании. Совет правления контролирует своевременную подачу точной информации. Акционер компании может владеть неограниченным количеством акций, а также свободно передавать их третьим лицам. Доля акций в такой компании не может быть разделена.
 
Обязательным является наличие аудитора, а необходимое число этих служащих и процедура оплаты их труда определяются на общем собрании.

Управление компаниями

Управление обществом с ограниченной ответственностью осуществляется общим собранием акционеров, Советом правления и Наблюдательным советом. Закрытой акционерной компанией с ограниченной ответственностью управляет Совет правления.
 
Общее собрание акционеров, которое должно созываться не реже 1 раза в год, обладает наибольшей властью в компании. Собрание одобряет годовой отчет, распределяет прибыль, выбирает наблюдательный совет и аудиторов компании, вносит поправки в Устав компании, увеличивает или уменьшает акционерный капитал, принимает решение о ликвидации общества и т.д. в соответствии с законом. Решения обычно принимаются простым большинством голосов. Тем не менее, для внесения поправки в Устав компании, решения о прекращении деятельности компании, а также для увеличения или уменьшения уставного капитала необходимо согласие 2/3 акционеров.
Совет правления представляет собой исполнительный орган компании, который управляет ею и представляет ее в деловых кругах. Не реже 1 раза в 4 месяца Совет правления обязан предоставлять наблюдательному совету отчет о деятельности корпорации и экономическом положении. Не менее половины членов правления должны постоянно проживать в Эстонии.
 
Наблюдательный совет занимается стратегическим планированием деятельности корпорации, организацией ее управления, а также осуществляет контроль над Советом правления. Член Совета правления не имеет право являться членом наблюдательного совета.

Иностранные предприятия в Эстонии

В случае если иностранное торговое предприятие желает предоставлять товары или услуги под своим собственным именем на постоянной основе, ему следует внести свой филиал в Торговый регистр. В этом случае, в соответствии с законом, торговое предприятие обязано получить лицензию для открытия филиала в Эстонии. Все организации, не внесенные в Торговый регистр (например, постоянное представительство), должны быть зарегистрированы в налоговой полиции.

Так как филиал не является юридическим лицом, ответственность по его обязательствам несет иностранная компания. Филиал иностранной компании создается после регистрации в Торговом регистре. Заявление для регистрации филиала должно содержать те же данные о филиале и компании-учредителе, что и для акционерной компании. В заявлении должна быть также указана страна, в соответствии с законодательством которой функционирует компания. Иностранная компания назначает директора или директоров филиала. Директором должно быть физическое лицо, обладающее действующей право- и дееспособностью. Как минимум один директор должен постоянно проживать в Эстонии. Директором не может быть обанкротившееся лицо, а также лицо, лишенное в соответствии с законом  права заниматься экономической деятельностью. В случае если филиал или компания занимается в Эстонии  банковской деятельностью, необходимо получить в Управлении Банка Эстонии  лицензию на иностранные инвестиции.

Для сделок, осуществляемых филиалом, необходимы отдельные деловые книги, в которых открыто и справедливо будут указаны расходы и доходы филиала. Филиал обязан подчиняться Закону о ведении финансовой деятельности Эстонии, за исключением некоторых случаев, оговоренных в этом законе в отношении филиалов (например, в соответствии с законом, филиал не обязан осуществлять аудит).