Основные принципы ведения бухгалтерского учета всех форм организации бизнеса в Эстонии регулируются Законом о финансовой отчетности (действует с 1 января 2003 года). Этот закон не регулирует ведение налоговой отчетности; порядок ее ведения регламентируется другими законами и нормативными актами. Основные положения этого закона сформулированы в соответствии с Международными стандартами бухгалтерской отчетности. За некоторыми исключениями, до 1 января 1995 года применение этих Стандартов было допустимо.

Основное отличие этого закона от Стандартов – более редкое применение примечаний к финансовым отчетам.
 
Кроме Закона о финансовой отчетности, Эстонским комитетом по ведению бухгалтерской отчетности изданы некоторые другие положения, дополняющие и разъясняющие основной закон. Каждое коммерческое предприятие может устанавливать дополнительные правила ведения бухгалтерской и финансовой отчетности.
 
Продолжительность финансового года – 12 месяцев. В зависимости от выбора  руководства коммерческого предприятия, окончание финансового года может приходиться на 31 марта, 30 июня, 30 сентября или 31 декабря. Для ведения отчетности по какому-либо другому финансовому году необходимо разрешение Министерства финансов. Закон также предусматривает, что отчетность материнской и дочерней компании должна осуществляться по одному и тому же финансовому году; он же может являться и отчетным годом.
 
Все материалы бухгалтерского учета должны храниться на протяжении 7 лет. Контракты, бизнес-планы и другие документы, необходимые для воссоздания деловых операций, должны храниться на протяжении 10 лет.

Стандарты аудита

Все зарегистрированные в Эстонии компании обязаны подавать свои проверенные финансовые отчеты в соответствующие уполномоченные органы в течение 6 месяцев с момента окончания финансового года.
 
Проверка документов и отчетности не обязана проводиться в закрытой акционерной компании с ограниченной ответственностью в случае, если ее акционерный капитал не превышает 400 000 эстонских крон, а также в случае, если чистая сумма ее продаж за прошедший финансовый год не превысила в 4 раза обязательный регистрационный предел НДС, установленный в Законе о НДС. В настоящее время этот предел равен 1000 000 эстонских крон.

Индивидуальные предприниматели и товарищества также не обязаны осуществлять аудит, но при условии, что партнеры не являются открытыми/закрытыми акционерными обществами с ограниченной ответственностью или коммерческими кооперативами.
 
Процедура аудита регламентируется Стандартами аудита Эстонии. Основные требования к аудиту изложены в законе о финансовой отчетности и Коммерческом кодексе. Стандарты аудита Эстонии официально одобрены Комитетом аудита Эстонии. Стандарты аудита Эстонии составлены в соответствии с повсеместно принятыми стандартами, а также со стандартами Международной ассоциации бухгалтеров и Американского института дипломированных бухгалтеров высшей квалификации. В настоящее время в Эстонии есть представительства всех основных бухгалтерских фирм.